O Congresso Interno é o órgão máximo de representação da comunidade da Fundação Oswaldo Cruz. A ele compete deliberar sobre assuntos estratégicos relacionados ao macroprojeto institucional, sobre o regimento interno e propostas de alteração do estatuto, bem como sobre matérias de importância estratégica para os rumos da instituição. As competências desse órgão colegiado estão explicitadas no Estatuto da Fiocruz.
A cada quatro anos, o Congresso Interno se reúne. É presidido pelo presidente da Fiocruz e composto por delegados eleitos pelas unidades, em número proporcional aos de seus servidores. A primeira edição do Congresso Interno ocorreu em 1988, durante a gestão de Sérgio Arouca.
